S.italica tRNA sequence alignment (predicted modifications are marked)

X: m1G
X: m1A/m1I/ms2i6A
X: i6A/t6A
X: m3C
X: m2G/m22G
X: D
X: Y




Sitalica_tR176 ATCAGAGTGGCGCAG---CGGAAGCGTGGTGGGCC---------------CATAACCCA-----CAGG-TCCCAGGATCGAAACCTG--GCTCTGATACCA Sitalica_tR167 GGAGAGATGGCTGAG-TGGACTAAAGCGGCGGATT-GCTAATCCGTTGTACAATTTTTT-----TGTA-CCGAGGGTTCGAATCCCT--CTCTTTCCACCA Sitalica_tR50 GTCGCTTTGGCCGAG--TGGTTAAGGCGTGTGCCTGCTAAGTACATGGGGTTTCCCC------------GCGAGAGTTCGAATCTCT--CAGGCGACGCCA Sitalica_tR164 GACGCTTTGGCCGAG--TGGTTAAGGCGTGTGCCTGCTAAGTACATGGGGTTTCCCC------------GCGAGAGTTCGAATCTCT--CAGGCGTCGCCA Sitalica_tR38 GTCGATATGTCCGAG--TGGTTAAGGAGGTAGACTCGAAATCTACTGGGCTTTGCCC------------GCGCAGGTTCGAATCCTG--CTGTCGACGCCA Sitalica_tR76 GTCGATATGTCCGAG--TGGTTAAGGAGGTAGACTCGAAATCTACTGGGCTCTGCCC------------GCGCAGGTTCGAATCCTG--CTGTCGACGCCA Sitalica_tR43 GTCGATATGTCCGAG--TGGTTAAGGAGACAGACTCGAAATCTGTTGGGCTTTGCCT------------GCGCAGGTTCGAATCCTG--CTGTCGACGCCA Sitalica_tR21 GTCGATATGTCCGAG--TGGTTAAGGAGACAGACT-TGAAATCTGTTGGGCTTCGCCCG-----------CGCAGGTTCGAACCCTG--CTGTCGACGCCA Sitalica_tR61 GTCGATATGTCCGAG--TGGTTAAGGAGACAGACT-TGAAATCTGTTGGGCTACGCCC-----------GCGCAGGTTCGAACCCTG--CTGTCGACGCCA Sitalica_tR78 GTGGACGTGCCAGAG-TGGT-TATTGGGCATGACT-AGAAATCATGTGGGTTTCGCCCG-----------CGTAGGTTCGAATCCTA--CCGTCCACGCCA Sitalica_tR135 GTGGTCGTGCCGGAG--TGGTTATCGGGCATGACTAGAAATCATGTGGGCTTTGCCC------------GCGCAGGTTCGAATCCTG--CCGACCACGCCA Sitalica_tR89 GCTGGTTTGCCCGAG--TGGTTAAGGGGGAAGACTTAAGATCTTCTGCACAATAAGTGC----------GCGTGGGTTCGAACCCCA--CAGCCAGCACCA Sitalica_tR121 GCTGGTTTGCCCGAG-TGGTCTAAGGGGGAAGACT------TAAGATCTTCTGCACTCA-----CGTGCGCGTGGGTTCGAACCCCA--CAGCCAGCACCA Sitalica_tR29 GCTGGTTTGCCCGAG--TGGTTAAGGGGGAAGACT------TAAGATCTTCTGCACTGA-----AGTGCGCGTGGGTTCGAACCCCA--CAGCCAGCACCA Sitalica_tR1 GTCAGGATGGCCGAG-TGGTCTAAGGCGCCAGACT----------CAAGTTCTGGTCCTCTAACGAGG-GCGTGGGTTCAAATCCCA--CTTTTGACACCA Sitalica_tR20 GTCAGGATGGCCGAG-TGGTCTAAGGCGCCAGACT----------CAAGTTCTGGTCCTCTAACGAGG-GCGTGGGTTCAAATCCCA--CTTCTGACACCA Sitalica_tR109 GACAGTTTGGCCGAG-TGGTCTAAGGCGCCAGATT----------TAGGCTCTGGTCCG-----AAAGGGCGTGGGTTCAAATCCCA--CATCTGTCACCA Sitalica_tR154 GACAGTTTGGCCGAG-TGGTCTAAGGCGCCAGATT----------TAGGCTCTGGTCCG-----AAAGGGCGTGGGTTCAAATCCCA--CAGCTGTCACCA Sitalica_tR68 GTTGAGATGGCCGAGTTGGTCTAAGGCGCCAGATT----------AAGGTTCTGGTCCG-----AAAGGGCGTGGGTTCAAATCCCA--CTCTCAACACCA Sitalica_tR117 GACGAGATGGCCGAGTTGGTCTAAGGCGCCAGATT----------AAGGTTCTGGTCCG-----AAAGGGCGTGGGTTCAAATCCCA--CTCTCGTCACCA Sitalica_tR127 GTCAAGATGGCCGAGTTGGTCTAAGGCGCCAGTTT----------CAGGTACTGGTCCG-----AAAGGGCATGGGTTCAAATCCCA--TTCTTGACACCA Sitalica_tR174 GTCAAGATGGCCGAGTTGGTCTAAGGCGCCAGTTT----------CAGGTACTGGTCCG-----AAAGGGCATGGGTTCGAATCCCA--TTCTTGACACCA Sitalica_tR64 AGGGATGTAGCGCAG-CTTGGTAGCGCGTTTGTTT---------------TGGGTACAA-----AATG-TCACAGGTTCAAATCCTG--TCATCCCTACCA Sitalica_tR11 AGCGGAGTAGAGCAG-TTTGGTAGCTCACGAGGCT---------------CATAACCTT-----GAGG-TCACGGGTTCGATTCCCG--TCTCCGCACCCA Sitalica_tR59 GTGGCTGTAGTTTAG--TGGTGAGAATTCTACGTT----------------GTGGCCGT-----AGAG-ACCTGGGCTCGAATCCCA--GCAGCCACACCA Sitalica_tR97 GTGGCTGTAGTTTAG--TGGTGAGAATTCCACGTT----------------GTGGCCGT-----GGAG-ACCTGGGCTCGAATCCCA--GCAGCCACACCA Sitalica_tR13 GCACCAGTGGTCTAG---TGGTAGAATAGTACCCT----------------GCCACGGT-----ACAG-ACCCGGGTTCGATTCCCG--GCTGGTGCACCA Sitalica_tR116 GCGCATCTGGTGTAG---TGGTATCATAGTACCCT----------------CCCACGGT-----ACTG-ACCGGGGTTCGATTCCCC--GGATGCGCACCA Sitalica_tR149 GCGCATCTGGTGTAG---TGGTATCATAGTACCCT----------------CCCACGGT-----ACTG-ACCGGGGATCGATTCCCC--GGATGCGCACCA Sitalica_tR82 GCGTCTGTAGTCCAA--CGGTTAGGATAATTGCCT---------------TCCAAGCAA-----TAGA--CCCGGGTTCGACTCCCG--GCAGACGCACCA Sitalica_tR93 GCGTTTGTAGTCCAA--CGGTTAGGATAATTGCCT---------------TCCAAGCAA-----TAGA--CCCGGGTTCGACTCCCG--GCAAACGCACCA Sitalica_tR124 GCGTTTGTAGTCCAA--CGGTTAGGATAATTGCCT---------------TCCAAGCAA-----TAGA--CCCGGGTTCGACTCCCG--GCAGACGCACCA Sitalica_tR33 GTCGTTGTAGTATAG--TGGTGAGTATTTCCGCCT----------------GTCACGCG-----GACG-ACCCGGGTTCGATCCCCG--GCAACGGCGCCA Sitalica_tR42 GTCGTTGTAGTATAG--TGGTGAGTATTCCCGCCT----------------GTCACGCG-----GGCG-ACCCGGGTTCGATCCCCG--GCAACGGCGCCA Sitalica_tR80 GTCGTTGTAGTATAG--TGGTGAGTATTCCCGCCT----------------GTCACGCG-----GGTG-ACCCGGGTTCGATCCCCG--GCAACGGCGCCA Sitalica_tR163 ACCGTTGTAGTCTAG-CTGGTTAGGATACTCGGCT----------------CTCACCCG-----AGAG-ACCCGGGTTCGAGTCCCG--GCAACGGAACCA Sitalica_tR24 TCCGTTGTAGTCTAG-CTGGTTAGGATATTCGGCT----------------CTCACCCG-----AGAG-ACCCGGGTTCGAGTCCCG--GCAACGGAACCA Sitalica_tR104 TCCGTTGTAGTCTAG-CTGGTTAGGATACTCGGCT----------------CTCACCCG-----AGAG-ACCCGGGTTCGAGTCCCG--GCAACGGAACCA Sitalica_tR99 TCCGTTGTCGTCCAG--CGGTTAGGATATCTGGCT----------------TTCACCCA-----GGAG-ACCCGGGTTCGATTCCCG--GCAACGGAACCA Sitalica_tR51 TCCATTGTCGTCCAGCCCGGTTAGGATACCTGGCT----------------TTCACCCA-----GGCG-ACCCGGGTTCAAATCCCG--GCAATGGAACCA Sitalica_tR175 TCCATTGTCGTCTAGTCCGGTTAGGATACCTGGCT----------------TTCACCCA-----GGCG-ACCCGGGTTCAAATCCCG--GCAATGGAGCCA Sitalica_tR18 TCCATTGTCGTCTAGTCCGGTTAGGATACCTGGCT----------------TTCGCCCA-----GGCG-ACCCGGGTTCAAATCCCG--GCAATGGAACCA Sitalica_tR77 TCCATTGTCGTCTAGTCCGGTTAGGATACCTGGCT----------------TTCACCCA-----GGCG-ACCCGGGTTCAAATCCCG--GCAATGGAACCA Sitalica_tR40 TGGGGCGTGGCCAAG---TGGTAAGGCAGCGGGTT----------------TTGGTCCC-----GTTACTCGGAGGTTCGAATCCTT--CCGTCCCAGCCA Sitalica_tR103 GCGTCCATTGTCTAA--TGGATAGGACAGAGGTCT---------------TCTAAACCT-----TTGG--TATAGGTTCAAATCCTA--TTGGACGCACCA Sitalica_tR25 GGGGACGTAGCTCAT--ATGGTAGAGCGCTCGCTT---------------CGCATGCGA-----GAGG-CACGGGGTTCGATTCCCC--GCGTCTCCACCA Sitalica_tR44 GGGGGTGTAGCTCAT--ATGGTAGAGCGCTCGCTT---------------CGCATGCGA-----GAGG-CACGGGGTTCGATTCCCC--GCACCTCCACCA Sitalica_tR131 GGGGATGTAGCTCAA--ATGGTAGAGCGCTCGCTT---------------TGCATGCGA-----GAGG-CACGGGGTTCGATCCCCC--GCATCTCCACCA Sitalica_tR16 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GGGTGTTTGGTCTAG---TGGTATGATTCTCGCTT---------------CGGGTGCGA-----GAGG-TCGTGAGTTCGATTCTCG--CAACACCCCCCA Sitalica_tR3 GGCGGCATGGCCAAG---TGGTAAGGCAGGGGACT---------------GCAAATCCT-----TTAC--CCCCAGTTCAAATCTGG--GTGCCGCCTCCA Sitalica_tR72 GGCGGCATGGCCAAG---CGGTAAGGCAGGGGACT---------------GCAAATCCT-----TTAT--CCCCAGTTCAAATCTGG--GTGTCGCCTCCA Sitalica_tR75 GGTTCCATGGTGTAG--TGGTTAGCACTCCAGACT---------------TTGAATCTG-----GCGA--CCTGGGTTCGAATCCCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR161 GGTTCCATAGTGTAG--TGGTTAGCACTCCAGACT---------------TTGAATCTG-----GCGA--CCTGGGTTCGAATCCCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR132 GGTTCCATGGTGTAG--TGGTTATCACTCCAGACT---------------TTGAATCTG-----GTAA--CCTGGGTTCAAATCCCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR86 GGTTCCATGGTGTAG--TGGTTATCACTCCAGACT---------------TTGAATCTG-----GCAA--CCTGGGTTCGAATCCCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR10 GGTCCCATGGTCTAG--TGGTCAGGACATTGGACT---------------CTGAATCCA-----GTAA--CCCGAGTTCAAATCTCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR113 GGTCCCATGGTCTAG--CGGTTAGGACATTGGACT---------------CTGAATCCA-----GTAA--CCCGAGTTCAAATCTCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR35 GGTCCCATGGTCTAG--TGGTTAGGACATTGGACT---------------CTGAATCCA-----GTAA--CCCGAGTTCAAATCTCG--GTGGGACCTCCA Sitalica_tR71 GGTTCCATAGTCTAG--CGGTTAGGACATTGGACT---------------CTGAATCCA-----GTAG--CCCGAGTTCAAATCTCG--GTGGAACCTCCA Sitalica_tR148 GGTTCCATGGTCTAG--CGGTTAGGACATTGGACT---------------CTGAATCCA-----GTAA--CCCGAGTTCAAATCTCG--GTGGAACCTCCA Sitalica_tR129 GCGAGCGTAGTTCAG---TGGTAAAACATCTCCTT---------------GCCAAGGAG-----AAGA--TACGGGTTCAATTCCCG--TCGCTCGCCCCA Sitalica_tR130 GCGAGCGTAGTTCAG---TGGTAAAACATCTCCTT---------------GCCAAGGAG-----AAGA--TACGGGTTCGATTCCCG--TCGCTCGCCCCA Sitalica_tR31 GGGATTGTAGTTCAA-TTGGTCAGAGCACCGCCCT---------------GTCAAGGCG-----GAAG-CTGCGGGTTCGAGCCCCG--TCAGTCCCGCCA Sitalica_tR23 GGGGAAATAGCTCAG-TTGGTTAGAGTGCTGGTCT---------------GTCACGCCA-----GAAG-TCGCGGGTTCGAACCCCG--TTTTCCCCGCCA Sitalica_tR32 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GACCGCATAGCGCAG-TGGATTAGCGCGTCTGACT---------------TCGGATCAG-----AAGG-TCGTGGGTTCGACTCCCA--CTGTGGTCGCCA Sitalica_tR111 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCT--CATAGCTTGTTTGAGTAATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR14 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCTCATAGCTTGTTGATGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR57 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGTTAGCGCGTAGGTCT--CATAGCTAAAGCGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR30 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCT--CATAGCTAAAGCGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR87 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCT-CATAGCTGAAAGCGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR39 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCT-CATAGCTAAACGTGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR151 GGGGTGGTGGCGCAG-TTGGCTAGCGCGTAGGTCT-CATAGCTATACGTGAGTGATCCT-----GAGG-TCGAGAGTTCGAGCCTCT--CTCACCCCACCA Sitalica_tR4 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CCGACCTTAGCTCAG--TTGGTAGAGCGGAGGACT---GTAGTGTCGCAGATAAATCCT-----TAGG-TCGCTGGTTCGAATCCGG--CAGGTCGGACCA Sitalica_tR94 CCGACCTTAGCTCAG--TTGGTAGAGCGGAGGACT--GTAGTTGTTGCAGATAGATCCT-----TAGG-TCGCTGGTTCGAATCCGG--CAGGTCGGACCA Sitalica_tR53 CCGACCTTAGCTCAG--TTGGTAGAGCGGAGGACTGTAGTGCGTTGCAGATTAAATCCT-----TAGG-TCGCTGGTTCGAATCCGG--CAGGTCGGACCA Sitalica_tR12 CCGACCTTAGCTCAG--TTGGTAGAGCGGAGGACT--GTAGTTGTTGCAGATAAATCCT-----TAGG-TCGCTGGTTCGAATCCGG--CAGGTCGGACCA Sitalica_tR137 CCGACCTTAGCTCAG--TTGGTAGAGCGGAGGACT-GTAGTGTGTTGCAGATAAATCCT-----TAGG-TCGCTGGTTCGAATCCGG--CAGGTCGGACCA Sitalica_tR37 GCGGGGATAGCTCAG--TTGGGAGAGCGTCAGACT---------------GAAGATCTG-----AAGG-TCGCGTGTTCGATCCACG--CTCACCGCACCA Sitalica_tR106 GCCCCTATGGCTCAG---TGGTAGAGCGTCTGCTT---------------CGTAAGCTG-----AAGG-TCTGCAGTTCGATCCTGC--ATGGGGGCACCA Sitalica_tR105 GCCCCTATAGCTCAG---TGGTAGAGCGTCAGTCT---------------TGTAAACTG-----AAGG-TCCGTAGTTCGATCCTGC--GTGGGGGCACCA Sitalica_tR159 GCCCCTATAGCTCAG---TGGTAGAGCGTCAGTCT---------------TGTAAACTG-----AAGG-TCTGTAGTTCGATCCTGC--ATGGGGGCACCA Sitalica_tR145 GCTGGAGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCGTGTGGCT---------------GTTAACCAC-----AAGG-CCGAAGGTTCAAGCCCTT--CCTCTAGCGCCA Sitalica_tR157 GCTGGAGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCGTGTGGCT---------------GTTAACCAC-----AAGG-TCGAAGGTTCAAGCCCTT--CCTCTAGCGCCA Sitalica_tR170 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGTTAGAGCGTGTGGCT---------------GTTAACCAC-----AAGG-TCGGAGGTTCAAGCCCTC--CTTCTAGCGCCA Sitalica_tR147 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGTTAGAGCGTATGGCT---------------GTTAACCAT-----AAGG-TCGGAGGTTCGAGCCCTC--CTTCTAGCGCCA Sitalica_tR60 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGCCAGAGCGTGTGGCT---------------GTTAACCAC-----AAGG-TCGGAGGTTCGAGCCCTC--CTTCTAGCGCCA Sitalica_tR45 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGCCAGAGCGTATGGCT---------------GTTAACCAT-----AAGG-TCGGAGGTTCGAGCCCTC--CTTCTAGCGCCA Sitalica_tR22 TCCTCAGTAGCTCAG---TGGTAGAGCGGTCGGCT---------------GTTAACTGA-----CTGG-TCGTAGGTTCGAATCCTA--CTTGGGGAGCCA Sitalica_tR96 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GCCGTCCTAGCTCAG---TGGTAGAGCGTGTGGCT---------------TTTAACCAC-----GTGG-TCGTGGGTTCGATCCCCA--CGGACGGCGCCA Sitalica_tR92 GCCGTCCTAGCTCAG---TGGTAGAGCGCGTGGCT---------------TTTAACCAC-----GTGG-TCGTGGGTTCGATCCCCA--CGGACGGCGCCA Sitalica_tR115 GCTCTCGTAGCTCAG---TGGTAGAGCACCCGTTT--------------AAGTAAGCGG-----GAAG-TCTTGAGTTCGACTCTCA--ACGAGAGCACCA Sitalica_tR8 GCTTTCGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCACCCGTTT---------------AGTAAGCGG-----GAGG-TCTTGAGTTCAACTCTCA--ACGAAAGCACCA Sitalica_tR6 GCTTTCGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCACCCGTTT---------------AGTAAGCGG-----GAGG-TCTTGAGTTCGACTCTCA--ACGAAAGCACCA Sitalica_tR153 -GCTTCGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCACCCGTTT---------------AGTAAGCGG-----GAGG-TCTTGAGTTCGACTCTCA--ACGAAAGCACCA Sitalica_tR110 GCTCTCGTAGCTCAA-TTGGTTAGAGCACCCGTTT---------------AGTAAGCGG-----GAGG-TCTTGAGTTCGACTCTCA--ACGAGAGCACCA Sitalica_tR120 GCTCTCGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCACCCGTTT---------------AGTAAGCGG-----GAGG-TCTTGAGTTCGACTCTCA--ACGAGAGCACCA Sitalica_tR85 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X: m1G
X: m1A/m1I/ms2i6A
X: i6A/t6A
X: m3C
X: m2G/m22G
X: D
X: Y