C.sinensis tRNA sequence alignment (predicted modifications are marked)

X: m1G
X: m1A/m1I/ms2i6A
X: i6A/t6A
X: m3C
X: m2G/m22G
X: D
X: Y




Csinensis_tR46 GGGGGTGTAGCTCAT-ATGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------CGCA---------------------TGC-----------GAGAGGC-------ACGGGGTTCGATTCCCCGCACCTCCACCA Csinensis_tR50 GGGGGTGTAGCTCAT-ATGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------CGCA---------------------TGC-----------GAGAGGC-------ACGGGGTTCGATTCCCCGCACCTCCACCA Csinensis_tR67 GGGGATGTAGCTCAG-TTGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------AGCA---------------------TGC-----------GAGAGG--------TACGGGATCAATACCCCGCATCTCCACCA Csinensis_tR12 GGGGATGTAGCTCAG-ATGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------AGCA---------------------TGC-----------GAGAGGT-------ACCGGGATCGATACCCCGCATCTCCACCA Csinensis_tR158 GGGGATGTAGCTCAG-ATGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------AGCA---------------------TGC-----------GAGAGGT-------ACCGGGATCGATACCCCGCATCTCCACCA Csinensis_tR38 GGGGATGTAGCTCAG-ATGG-TAGAGCG--CTCGCTT--------AGCA---------------------TGC-----------GAGAGGC-------ACGGGGATCGATACCCCGCATCTCCACCA Csinensis_tR112 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Csinensis_tR174 GGGGATGTAGCTCAA-ATGG-TAGAGTG--CTCGCTT--------TGCA---------------------TGC-----------GAGAGGT-------ACCGGGTTCGATCCCCTGCATCTCCACCA Csinensis_tR3 GGGTGTTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------CGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CGCGAGTTCGATTCTCGCAACACCCCCCA Csinensis_tR72 GGGTGTTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------CGGG---------------------TGC-----------GAGAGGC-------CGCGAGTTCGATTCTCGCAACAGCCCCCA Csinensis_tR92 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------AGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCAATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR98 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------AGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCAATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR110 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------AGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCAATTCTCGGAATCCCCCCCA Csinensis_tR11 GGGCGTTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------TGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAACGCCCCCCA Csinensis_tR143 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------TGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAATGGCCCCCA Csinensis_tR166 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------CGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR167 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------TGGG---------------------TGC-----------TAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR134 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------TGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR159 GGGCATTTGGTCTAG--TGG-TATGATT--CTCGCTT--------TGGG---------------------TGC-----------GAGAGGT-------CCCGAGTTCGATTCTCGGAATGCCCCCCA Csinensis_tR47 GTGGCTGTAGTTTAG--TGGTTAGAATT--CTACGTT--------GTGG---------------------CCG-----------TAGAGA--------CCTGGGCTCGAATCCCAGCAGCCACACCA Csinensis_tR59 GTGGCTGTAGTTTAG--TGGTAAGAATT--CCACGTT--------GTGG---------------------CCG-----------TGGAGA--------CCTGGGCTCGAATCCCAGCAGCCACACCA Csinensis_tR115 GCGCATCTGGTGTAG--TGG-TATCATA--GTACCCT--------CCCA-----------------------------------CGGTACT-----GACCGGGGTTCGATTCCCCGGATGCGCACCA Csinensis_tR16 GCACCAGTGGTCTAG--TGG-TAGAATA--GTACCCT--------GCCA---------------------CGG-----------TACAGA--------CCCGGGTTCGATTCCCGGCTGGTGCACCA Csinensis_tR71 GCACCAGTGGTCTAG--TGGG-AGAATA--GTACCCT--------GCCA---------------------CGG-----------TACAGA--------CCCGGGTTCGATTCCCGGCTGGTGCACCA Csinensis_tR84 GCGTCTGTAGTCCAA--CGGTTAGGATA--ATTGCCT--------TCCA---------------------AGC-----------AATAGA--------CCCGGGTTCGACTCCCGGCAGACGCACCA Csinensis_tR89 GCGTTTGTAGTCCAA--CGGTTAGGATA--ATTGCCT--------TCCA---------------------AGC-----------AATAGA--------CCCGGGTTCGACTCCCGGCAAACGCACCA Csinensis_tR177 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Csinensis_tR54 GCACCCATGGCCTAA--TGGATAAGGCG--TCTGACT--------TCTA---------------------ATC-----------AGGCGAT-------TGTGGGTTCGAGTCCCACTGGGTGTGCCA Csinensis_tR25 GCGCCCATGGCCTAA--TGGATAAGGCG--CTTGACT--------TCTA---------------------ATC-----------AAGCGAT-------TGTGGGTTCGAGTCCCACTGGGCGTGCCA Csinensis_tR62 GCGCCCATGGGCTAA--TGGATAAGGCG--CCTGACT--------TCTA---------------------ATC-----------AGGCGAT-------TGTGGGTTCGAGTCCCACTGGGCGTGCCA Csinensis_tR87 CCGACCTTAGCTCAG-TTGG-CAGAGCG--GAGGACTGTAGTGGGTCAA---------AGCCTTGTAGCCATC-----------CTTAGGT-------CGCTGGTTCGAATCCGGCAGGTCGGACCA Csinensis_tR27 CCGACCTTAGCTCAG-TTGG-CAGAGCG--GAGGACT--------GTAG----TGGAATTCCAACAGTATATC-----------CTTAGGT-------CGCTGGTTCGAATCCGGCAGGTCGGACCA Csinensis_tR113 CCGACCTTAGCTCAG-TTGG-CAGAGCG--GAGGACT-GTAGTGGGTTA---------------------TCCAACAGCACATCCTTAGGT-------CGCTGGTTCGAATCCGGCAGGTCGGACCA Csinensis_tR21 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Csinensis_tR121 GCTCTCGTAGCTCAG-TTGGTTAGAGCA--CCCGTTT--------AGTA---------------------AGC-----------GGGAGGT-------CTTGAGTTCGACTCTCAACGAGAGCACCA Csinensis_tR165 GCTTTCATAGCTCAG-TTGGTTAGAGCA--CCCGTTT--------AGTA---------------------AGC-----------GGGAGGT-------CTTGAGTTCGACTCTCAATGAAAGCACCA Csinensis_tR176 GCTTTCATAGCTCAG-TTGGTTAGAGCA--CCCGTTT--------AGTA---------------------AGC-----------GGGAGGT-------CTTGAGTTCAACTCTCTATTAAAGCACCA Csinensis_tR161 GCCCGTCTAGCTCAG-TCGG-TAGAGCG--CAAGGCT--------CTTA---------------------ACC-----------TTGTGGT-------CGTGGGTTCGAGGCCCACGGTCGGCCCCA Csinensis_tR157 GCCCGTCTAGCTCAG-TCGG-TAGAGCG--CAAGGCT--------CTTA---------------------ACC-----------TTGTGGT-------CGTTTGTTCGAGCCCCACGGTGGGCGCCA Csinensis_tR41 GCCCGTCTAGCTCAG-TCGG-TAGAGCG--CAAGGCT--------CTTA---------------------ACC-----------TTGTGGT-------CGTGGGTTCGAGCCCCACGGTGGGCGCCA Csinensis_tR57 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Csinensis_tR145 GCGCCTGTAGCTCAG--TGGATAGAGCG--TCTGTTT--------CCTA---------------------AGC-----------AGAAGGT-------CATAGGTTCGACCCCTATCTGGCGCGCCA Csinensis_tR5 GCGCCTGTAGCTCAG--TGGATAGAGCG--TCTGTTT--------CCTA---------------------AGC-----------AGAAGGT-------CGTAGGTTCGACCCCTACCTGGCGCGCCA Csinensis_tR135 GCGCCTGTAGCTCAG--TGGATAGAGCG--TCTGTTT--------CCTA---------------------AGC-----------AGAAGGT-------CGTAGGTTCGACCCCTACCTGGCGCGCCA Csinensis_tR79 GCGCCTGTAGCTCAG--TGGATAGAGCG--TCTGTTT--------CCTA---------------------AGC-----------AGAAAGT-------CGTAGGTTCGACCCCTACCTGGCGCGCCA Csinensis_tR17 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGCTAGAGCG--TGTGGCT--------GTTA---------------------ACC-----------ACAAGGT-------CGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGCCA Csinensis_tR168 GCTGGAATAGCTCAG-TTGGTTAGAGCG--TGTGGCT--------GTTA---------------------ACC-----------ACAAGGT-------CGGAGGTTCAAGCCCTCCTTCTAGCGCCA Csinensis_tR86 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Csinensis_tR142 GGCCTATTAGCTCAG-CTGGTTAGAGCG--TCGTGCT--------AATA---------------------ACG-----------CGAAGGT-------CGCAGGTTCGAGACCTGCATGGGCCACCA
X: m1G
X: m1A/m1I/ms2i6A
X: i6A/t6A
X: m3C
X: m2G/m22G
X: D
X: Y